Aunque en sus inicios fue considerado un movimiento ilegal y subersivo (y por lo tanto perseguido) los cristianos dejaron de vivir en la clandestinidad con el emperador Constantino, primer gobernante del Imperio Romano de confesión católica, bautizado en su lecho de muerte y con cuya decisión comenzó una nueva época para la iglesia, hasta que en el 380 Teodosio I lo declaró religión oficial del Imperio, convirtiendo el paganismo en una herejía, lo que daría lugar durante las décadas siguientes a frecuentes enfrentamientos entre cristianos y paganos y la destrucción de sus símbolos y edificios como la Biblioteca de Serapeo o segunda Biblioteca de Alejandría, hermoso edificio hecho de mármol y a donde se accedía subiendo 100 escaleras, cuyo último director fue Terón de Alejandría, matemático y astrónomo griego, quien se preocupó de dar una completa educación en matemáticas, astronomía y filosofía a su hija.Así fue como Hipatia se convirtió en una gran maestra, centrando sus enseñanzas en las obras de Platón y Aristóteles y a cuya casa acudían estudiantes de la aristocracia, paganos y cristianos, muchos de los cuales llegarían a desempeñar altos cargos, en una época en la que muchos paganos se convertían al cristianismo pero no Hipatia quien a pesar de todo contaba con la estima de la élite cristiana, pero ocurrió que el envidioso Cirilo asumió el cargo de obispo llevando a la cumbre la política de presión contra los paganos, herejes y judíos e instigando revueltas contra ellos lo que le enemistó abiertamente con Orestes, antiguo alumno de Hipatia y representante del Emperador en Alejandría.
En este marco de tensión empezó a correr el rumor de que la causante de la discordia entre ambos era Hipatia, amiga y ex consejera de su antiguo alumno, por lo que un populacho de cristianos enloquecidos la atacó en plena calle. La sacaron del carruaje, la arrastraron, desnudaron y desollaron con conchas marinas para después descuartizarla y quemarla, instigados por el resentido Cirilo, muerto de celos por su influencia sobre las clases altas.
Tenía entre 45 y 60 años y nadie pagó por su muerte, incluso se intentó desprestigiar su memoria publicándose poco tiempo después una carta falsa en la que atacaba el cristianismo.
En cambio Cirilo fue declarado Santo a su fallecimiento y en 1882 nombrado Doctor por el papa, por su firmeza en la defensa de la fe.
